9 февраля 1902 года Сергей Владимирович принял монашеский постриг с наречением имени святителя Московского Алексия.
В 1933 г., после ухода на покой митрополита Серафима Чичагова, был переведен на Ленинградскую кафедру. Пользовался необычайно высоким авторитетом у паствы, но никогда не стремился к популярности, не льстил и не заискивал перед народом.
Вскоре после начала Великой Отечественной войны митрополит Алексий произнес слово, проникнутое глубоким и подлинно патриотическим чувством: «Русский человек бесконечно привя-зан к своему Отечеству, которое для него дороже всех стран мира. Ему свойственна тоска по Родине, о которой у него постоянная дума. Когда Родина в опасности, тогда особенно разгорается в сердце русского человека эта любовь. Он готов отдать все свои силы на защиту ее… Это есть непреодолимое веление сердца, порыв любви, которую он не в силах остановить, которую он должен до конца испытать».
900 блокадных дней провел митрополит в осажденном Ленинграде. Непрерывные бомбежки и артобстрелы, трупы умерших от голода и не погребенных жителей — на каждом шагу, но городские церкви были переполнены молящимися. Митрополит Алексий был все время в храме, одно время даже жил на колокольне Никольского собора. Служил литургию, молебны, а в будни часто без диакона сам причащал и читал поминания. Всякий мог тогда прийти к нему со своим горем, и он принимал всех и утешал.
В своих проповедях и посланиях митрополит внушал надежду на избавление и победу. В пасхальном послании 1942 года святитель писал: «Во всех нас заговорил русский, сын одного Отечества, и встали не за себя, не за личные блага, а за мать Родину, которой грозит разорение и гибель… А над всем сим — непоколебимая вера, присущая русскому православному человеку, вера в бесконечную милость Божию, дарование победы народу, явившему столь великую крепость духа в годину тяжкой опасности».
4 сентября 1943 года митрополит Алексий участвовал в беседе трех виднейших иерархов Русской церкви с председателем Совета министров СССР. После кончины патриарха Сергия митрополит Алексий был избран на Поместном соборе Патриархом Московским и всея Руси. В докладе, посвященном патриотической деятельности РПЦ во время войны, он, в частности, сказал: «Это не только пожертвования, к которым неустанно призывали архипастыри и пастыри, но гораздо шире и существеннее, так как проникала в самую душу народную, поднимая дух безмерной любви к Родине, волю к победе, давала утешение страждущим, скорбящим, унывающим».
10 апреля 1945 года состоялась встреча патриарха Алексия со Сталиным. В беседе обсуждались вопросы, связанные с патриотической деятельностью Церкви на завершающем этапе войны. Сталин говорил, что Русской церкви предстоит внести огромный вклад в дело укрепления международных позиций советского государства, в налаживании внешних контактов.
После войны Советский Союз из базы мировой коминтерновской революции постепенно превращался в своего рода советскую империю, и его руководство способно было положительно оценить преданность Церкви государственным интересам русского народа. В этом отношении знаменательны слова К.Е. Ворошилова, сказанные в беседе с Г.Г. Карповым, ставшие известными из рассекреченных архивов Совета по делам религий: «У Русской церкви — большое будущее. Она наш козырь в Прибалтике, Восточной Европе, за границей вообще».
Знаком благоволения советской власти к священноначалию РПЦ стали передача Троице-Сергиевой лавры, освобождение из лагерей священников и указ председателя Верховного Совета СССР о награждении патриарха Алексия орденом Трудового Красного Знамени.
Всего за 1944-1947 гг. Русской православной церкви было передано 1270 храмов, на 1 января 1948 года их общее число составило 14 329.
Большая часть храмов сосредоточена была на западе страны, главным образом на Украине, потому что большую часть действующих храмов составляли церкви, открытые на оккупированных территориях. Чем дальше на восток, тем меньше было церквей, а на Дальнем Востоке их почти не было. На Камчатке и Сахалине, на Чукотке и Колыме не сохранилось ни одного храма. Этот регион целиком входил в империю ГУЛАГа, и новые церкви в послевоенные годы там не строились. Особо ценные в художественном и историческом отношении храмы не передавались Церкви, а оставались музеями.
Люди, перенесшие тяготы войны, потерявшие своих близких, потянулись в храмы Божии, ища в них утешение. Большинство не утратило веру в годы гонения на Церковь и истребления духовенства, но многие из-за отсутствия рядом храмов, а чаще по малодушию открыто посещать церкви не решались. Население западных областей Украины и Белоруссии осталось религиозным почти полностью, за исключением тех, кто старался продвинуться по службе, да, пожалуй, и их атеизм был лицемерным.
Верующей и православной осталась русская деревня. Многие родившиеся после революции, по преимуществу мужчины, утратили живую связь с Церковью, но и в их домах ради верующих матерей и жен сохранялись иконы, праздники они помнили и детей своих крестили. В городе ситуация была более плачевной, особенно глубоко расцерковленной оказалась новая советская интеллигенция, а также часть рабочих, однако большинство рабочих женщин сохранили веру. А многие в этой среде, даже прошедшие через комсомол, обрели веру.
В послевоенные годы РПЦ, преодолевая внутренние расколы и отделения, устанавливая тесные и интенсивные контакты с братскими церквями, приобрела небывало высокий авторитет в православном мире.
В июле 1948 года Русская православная церковь праздновала 500-летие своей автокефалии. В связи с этими торжествами состоялось совещание глав представителей поместных православных церквей, которое сделало значительный шаг к консолидации славян православных церквей Восточной Европы, а также церквей Антиохийской, Румынской и Албанской.
Особенно это показательно на примере отношений Русской и Антиохийской церквей. Еще в ноябре 1947 года в Москву приезжал архипастырь Антиохийского патриархата митрополит Гор Ливанских Илия Караме. Это был давний и преданный друг Русской церкви. В патриаршем Богоявленском соборе при стечении многочисленной паствы он сказал: «Я много знал о великом русском народе и его Церкви и теперь лично убедился, что Русская православная церковь является величайшей Церковью православия. Господь Бог благословляет русский народ так же, как когда-то благословил Авраама. Русский народ является как бы народом Святой земли, и землю Русскую можно сравнить со святой Палестинскою землею».
1948 год принес с собой перемены к худшему в положении православной церкви в советском государстве. Начались аресты, репрессии в отношении духовенства, закрытие приходов. За четыре года, с 1949-го по 1953-й, Русская церковь потеряла 1055 храмов.
В конце 1940-х авторитет РПЦ нужен был советскому руководству для укрепления внешних позиций, для привлечения в союзники христианской общественности Запада в холодной войне против США. Постоянно проводились всемирные и всесоюзные форумы сторонников мира, и представители Русской православной церкви в них неизменно участвовали.
Положение РПЦ ухудшилось в последние годы правления Сталина, когда его политическое влияние все более уступало натиску рвущихся к самостоятельной власти соратников. При Хрущеве в стране началась масштабная атеистическая пропагандистская кампания. В 1959 году закрытие церквей приняло массовый характер.
Первосвятительское служение великого старца продолжалось 25 лет. Господь даровал ему редкое долголетие. Он умер 17 апреля 1970 года от сердечной недостаточности на 93-м году жизни и погребен в Троице-Сергиевой лавре, которая была особенно близка его сердцу.